Dinas Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak, dan Keluarga Berencana (Dinas P3AKB) Kabupaten Barito Timur berdiri berdasrkan Peraturan Bupati Barito Timur Nomor 72 Tahun 2016 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi, serta tata keja Dinas Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak, Pengendalian Penduduk dan Keluarga Berencana
Dinas Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak, Pengendalian Penduduk dan Keluarga Berencana adalah perubahan bentuk dari Badan Keluarga Berencana Pemberdayaan Masyarakat dan Pemberdayaan Perempuan terbentuk berdasarkan
berdasarkan Perda No 12 Tahun 2011 tentang Perubahan atas Perda Kab Barito Timur No 9 Tahun 2009 tentang Organisasi Perangkat Daerah, dan Perbup Barito Timur No 53 Tahun 2011 tentang Uraian Tugas, Fungsi dan Tata Kerja BKB PM dan PP. Sebelumnya Badan ini bernama Badan Keluarga Berencana, Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak Kabupaten Barito Timur yang terbentuk berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Barito Timur Nomor 9 Tahun 2009 tanggal 4 Agustus 2009 tentang Organisasi Perangkat Daerah Pemerintah Kabupaten Barito Timur.
Badan Keluarga Berencana, Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak sebelum tanggal 4 Agustus 2009 adalah merupakan Bidang Keluarga Berencana yang berada pada Dinas Tenaga Kerja, Sosial dan Keluarga Berencana. Sedangkan Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak berada di Bagian Kesejahteraan Rakyat Sekretariat Daerah.
Pada tahun 2010 kedua bidang ini bergabung dalam satu SKPD baru yaitu Badan Keluarga Berencana, Pemberdayaan Perempuan dan perlindungan anak. Pada tahun 2011, badan ini yang terkenanl dengan nama BKBPPPA ini berubah kembali dengan adanya penambahan bidang baru yaitu bidang pemberdayaan Masyarakat. Sehingga mulai saat itulah badan ini mengampu 3 urusan yang amat kompleks yaitu urusan Keluarga Berencana, Urusan Pemberdayaan perempuan dan perlindungan anak dan urusan pemberdayaan masyarakat.